2011년 4월, 부모님의 해외출장으로 혼자 일본에 남겨진 주인공은 1년간만 외삼촌의 집에 얹혀살게 된다. 그가 전입한 야소가미 고등학교에서는 「비가 오는 날 밤 오전 0시, 전원이 꺼진 텔레비전에 자신의 얼굴을 응시하면, 다른 인간이 비친다.」라는 내용의 「심야텔레비전(マヨナカテレビ)」라고 불리는 소문이 떠돌고 있다. 같은 시기 마을에서 발생되고 있던 연속 살인 사건이 심야텔레비전과 관련이 있을 것이라고 생각한 주인공 일행은, 심야텔레비전을 통해 이공간으로 가는 길을 찾고 있던 중 「쉐도우(シャドウ)」라고 불리는 괴물에게 습격당하며 일상에 숨겨져 있던 세계의 어둠을 엿보는 일을 하게 된다.
이상한 현상을 접하면서 페르소나 능력을 발현시킨 주인공 일행은 이러 일은 경찰에 이야기해도 믿어 주지 않다는 생각에 자신들이 직접 진실을 파헤치기 위한 팀을 결성하게 된다. 주인공은 공식적으로 극히 평범한 고교생으로서 학업이나 동아리나 아르바이트를 하여 외삼촌의 가족이나 학교 친구, 마을 사람들과 각각 커뮤니티라고 불리는 교류를 쌓아, 일상적인 상담 등에 응하거나, 방과 후에는 동료들과 함께 쉐도우가 배회하는 이공간에서 싸우면서 사건에 말려 들어간 사람들을 돕고 동료를 늘리면서, 사건 해결을 위해 분주히 노력한다. 그러나 뉴스 등을 통해 무책임한 소문이 계속적으로 흘려 나와 진실이 무엇인지 알 수 없게 된 상황에 이 사건의 흑막으로 의심되는 존재도 여럿 등장하는 가운데, 주인공 일행이 가까스로 도착하는 결말은 플레이어 자신이 어디까지 이 사건의 진상을 추리하고 해명할 수 있는지에 따라 결정된다.